CHU Sainte-Justine: nouvel espoir face aux cancers pédiatriques

MONTRÉAL — Des chercheurs montréalais ont identifié à la surface des cellules cancéreuses de nouvelles cibles qui pourraient être exploitées par de futures immunothérapies ultraciblées, ouvrant de nouvelles possibilités de traitement.

Un nouvel outil informatique développé par une équipe du CHU Sainte-Justine, le ProteoFusioNEO, a permis d'analyser les transcriptomes de plus de 5100 enfants atteints de divers cancers pédiatriques, ainsi que 935 lignées cellulaires.

Cela a mené à l'identification, à la surface des cellules cancéreuses, de néoantigènes, c’est-à-dire des petits fragments de protéines anormales issus de fusions de gènes.

«Ce qui caractérise les cancers pédiatriques, c'est une espèce de marque génétique assez unique», a dit la responsable de la Plateforme de protéomique et d’immunopeptidomique au CHU Sainte-Justine, Isabelle Sirois, qui a discuté des travaux de son équipe avec La Presse Canadienne en marge de la Journée internationale du cancer de l'enfant.

«On appelle ça des gènes de fusion, qui sont des bouts de gènes qui se fusionnent ensemble puis qui créent des super gènes (...) qui à eux seuls peuvent induire le cancer. Donc, quand on a besoin de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques qui sont uniques aux cellules cancéreuses, eux, ils ont cette marque-là.»

Les nouvelles immunothérapies ultraciblées permettent d'espérer qu'on sera un jour en mesure d'attaquer spécifiquement les cellules cancéreuses, sans nuire aux cellules saines. Mais pour ce faire, on doit obligatoirement présenter au système immunitaire des cibles qui se trouvent uniquement sur les cellules malades.

Au cœur de cette promesse thérapeutique se trouve l’immunopeptidomique, une approche qui permet d’identifier les petits fragments de protéines à la surface des cellules.

La spectrométrie de masse et les outils informatiques développés dans le cadre d'une nouvelle étude publiée par le journal iScience ont pu prédire, puis confirmer, que les néoantigènes issus de fusions de gènes sont bel et bien présentés à la surface des cellules cancéreuses.

«La cellule doit se débarrasser de ses déchets de protéines de manière plus ou moins continue, a expliqué Mme Sirois. Ces déchets sont chargés sur des molécules qui les amènent à la surface cellulaire, et ça, ça sert de drapeau moléculaire pour le système immunitaire.»

En d'autres mots, a-t-elle précisé, le système immunitaire «surveille à la surface s'il y a des petits bouts de protéines qui ne sont pas supposés être là».

Tous les néoantigènes ne représentent toutefois pas le même potentiel thérapeutique, mais certains se révèlent particulièrement intéressants puisqu'ils sont extrêmement spécifiques et distincts des peptides associés aux protéines normales de l’organisme, ce qui en fait des cibles de choix pour des immunothérapies de précision, a-t-on expliqué par voie de communiqué.

Ces développements permettent d'envisager le développement de vaccins à ARN messager qui entraîneraient la défense immunitaire à reconnaître les néoantigènes issus de fusions de gènes, ou encore d'anticorps thérapeutiques capables soit de recruter les cellules tueuses du système immunitaire vers la tumeur, soit d’agir comme de véritables chevaux de Troie en acheminant une chimiothérapie directement au cœur des cellules cancéreuses.

«On va faire exactement de la même façon qu'on a fait avec les vaccins à ARN messager pendant la COVID, a dit Mme Sirois. Mais au lieu de donner une séquence de virus, on va mettre les séquences des drapeaux moléculaires qui vont entraîner le système immunitaire à tuer les cellules tumorales chez le patient.»

Un des principaux avantages de leur technique, a-t-elle précisé, est qu'elle permet de déterminer la quantité de cibles à la surface des cellules, ce qui va guider le développement des immunothérapies.

Car certaines immunothérapies, a dit Mme Sirois, ont besoin de «beaucoup de cibles, et d'autres un peu moins».

«Il y a vraiment de nouvelles possibilités de traitement, à part la chimiothérapie qu'on utilise depuis 70 ans pour les cancers pédiatriques, a-t-elle conclu. C'est très prometteur.»

Jean-Benoit Legault, La Presse Canadienne